学校与中科院共同探索科教结合、协同育人的新模式，实现教师互聘，资源共享，联合培养具有创新精神和科研能力的拔尖创新人才。
名称 | 协作单位 |
熊庆来天文菁英班 | 中科院云南天文台 |
大气科学菁英班 | 中科院大气物理研究所 |
生物科学菁英班 | 中科院昆明植物研究所、 昆明动物研究所、武汉病毒所 |
生态学菁英班 | 中科院西双版纳热带植物园 |
地球物理学菁英班 | 中科院精密测量科学与技术创新研究院 |
地质学菁英班 | 中科院地球化学研究所 |
植物科学与技术菁英班 | 中科院植物研究所 |
注：大气科学菁英班、地球物理学菁英班、地质学菁英班从当年全校理工类专业本科新生中择优选拔组建，选拔办法详见云南大学本科招生网。